อัลฟ่า ปฏิบัติการรหัสหมาป่า เรื่องราวเริ่มต้นหลังสงครามคาร์กิล เมื่อผู้พัน ฟาเตห์ สิงห์ ลาขวัต ได้เสนอโครงการลับชื่อว่า อัลฟ่า เพื่อสร้างซูเปอร์โซลเจอร์หรือสุดยอดทหารรุ่นใหม่ผ่านการดัดแปลงพันธุกรรมด้วยเซรั่มพิเศษ ทว่าโครงการนี้เกิดปัญหาขัดแย้งภายในระบบ ทำให้ วิกรานต์ เคาล (ซึ่งต่อมากลายเป็นหัวหน้าหน่วยข่าวกรอง RAW) พยายามแยกตัวออกไป แต่ผู้พันลาขวัตกลับนำทารกซึ่งเป็นลูกสาวของวิกรานต์ที่ทุกคนคิดว่าเสียชีวิตไปแล้ว แอบนำไปเลี้ยงดูในที่ห่างไกลและทำการทดลองเซรั่ม อัลฟ่า กับเธออย่างลับ ๆ เด็กสาวคนนี้เติบโตมาในชื่อ สิตา (รับบทโดย อาเลีย บัตต์) เธอถูกเลี้ยงดูมาอย่างตัดขาดจากโลกภายนอก ล้างสมอง และฝึกฝนอย่างหนักหน่วงโดยผู้พันลาขวัตจนกลายเป็นนักฆ่าสาวผู้ไร้ความปราณี จนกระทั่งวันหนึ่ง สิตาเริ่มออกล่าและสังหารบุคคลต่าง ๆ ที่เคยมีส่วนเกี่ยวข้องกับโครงการ อัลฟ่า และนั่นทำให้เธอได้รู้ความจริงอันดำมืดเกี่ยวกับครอบครัว วัยเด็กที่ถูกขโมยไป และตัวตนที่แท้จริงของเธอ ในการเดินทางเพื่อล้างแค้นและทำลายโปรแกรมทหารเถื่อนนี้ เธอได้พบและร่วมมือกับ ดุรคา (รับบทโดย ชาร์วารี) หญิงสาวสายลับอีกคนที่มีความเกี่ยวพันกับอดีตของเธอ เพื่อร่วมมือกันโค่นล้มผู้สร้างและหยุดยั้งองค์กรทหารนอกรีตนี้ให้ได้